Pendant longtemps, nous avons considéré les plantes comme des organismes autonomes, vivant seuls et interagissant avec leur environnement uniquement par leurs racines, leurs feuilles ou encore la lumière du soleil. Pourtant, les découvertes récentes de la biologie révèlent une réalité bien plus fascinante : les végétaux sont en réalité accompagnés, tout au long de leur vie, par une multitude de micro-organismes invisibles qui participent à leur croissance, leur nutrition et même leur résistance aux maladies !
Un monde insoupçonné, qui pourrait bien bouleverser notre manière de comprendre le vivant… et peut-être même notre façon de pratiquer l’agriculture.
J’ai eu la chance d’interviewer récemment Philippe Vandenkoornhuyse, professeur à l’Université de Rennes, chercheur au CNRS et lauréat de la médaille d’argent du CNRS 2025 pour ses travaux sur le microbiote végétal et le concept d’holobionte. Une rencontre passionnante, réalisée dans le cadre de ma collaboration régulière avec la revue Plantes & Santé, dont l’interview complète paraîtra dans le numéro de septembre prochain.
En attendant sa publication, je vous propose de découvrir quelques-unes des idées fortes qui ont marqué notre échange !
La première surprise est peut-être la plus importante : toutes les plantes possèdent un microbiote.
Comme chez l’être humain, il s’agit d’un ensemble de bactéries et de champignons vivant en étroite association avec leur hôte. Ces micro-organismes se trouvent aussi bien à la surface des feuilles qu’à l’intérieur même des tissus végétaux : racines, tiges, fleurs et même graines.
Et contrairement à ce que l’on pourrait croire, la grande majorité d’entre eux ne sont pas des agents pathogènes, mais de précieux alliés.
« Chez les plantes, les micro-organismes présents au niveau des racines remplissent des fonctions comparables à celles du microbiote intestinal chez l’Homme », m’a expliqué Philippe Vandenkoornhuyse.
Ils participent notamment à l’alimentation des végétaux, en facilitant l’accès à l’eau et aux éléments minéraux présents dans le sol.
Mais le plus étonnant est peut-être ailleurs.
Face aux stress environnementaux — sécheresse, chaleur, salinité ou attaques de pathogènes — les plantes seraient capables de recruter certains micro-organismes présents dans leur environnement afin de mieux résister.
Autrement dit, elles ne subissent pas passivement leur environnement : elles mobilisent de véritables partenaires microscopiques pour les aider à traverser les difficultés !
C’est là une vision du végétal bien différente de celle que nous avions jusqu’ici qui est en train de se dessiner. Et cette découverte majeure pourrait également nous mener à une manière totalement différente de concevoir l’agriculture, bien plus écologique et raisonnée pour prendre soin du sol et des plantes…
Car pendant des décennies, la sélection des variétés cultivées et les pratiques agricoles se sont focalisées presque exclusivement sur la plante elle-même, en oubliant les milliards de micro-organismes qui l’accompagnent. Pourtant, comme me l’a expliqué Philippe Vandenkoornhuyse, ce microbiote est essentiel pour maintenir la plante (et même le sol) en bonne santé !
De nombreux travaux cherchent aujourd’hui à identifier les micro-organismes les plus bénéfiques afin de favoriser naturellement la santé des cultures et réduire la dépendance aux pesticides, aux engrais chimiques ou encore aux organismes génétiquement modifiés. D’autres recherches, particulièrement fascinantes, suggèrent même que certaines plantes spontanées ou « plantes compagnes » pourraient enrichir le microbiote des cultures voisines et favoriser leur développement.
Ces découvertes pourraient ainsi ouvrir la voie à une agriculture davantage fondée sur les symbioses et les interactions biologiques, où l’on chercherait moins à contraindre le vivant qu’à travailler avec lui. Une approche qui fait écho aux principes de l’agroécologie et qui pourrait, à terme, contribuer à développer des systèmes agricoles plus résilients, plus productifs et plus respectueux des équilibres naturels…
Je ne vous en dis pas plus sur le microbiote végétal pour le moment !
L’interview complète de Philippe Vandenkoornhuyse, professeur à l’Université de Rennes, chercheur au CNRS et lauréat de la médaille d’argent du CNRS 2025, sera à retrouver dans le numéro de septembre de la revue Plantes & Santé.
En attendant, n’hésitez pas à découvrir les autres articles du blog.
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